เข้ามาในพระวิหาร จะเห็นหลวงพ่อทองคำ ซึ่งเป็นทองคำทั้งองค์ ในประวัติกล่าวว่า 

แต่เดิม ได้ประดิษฐานอยู่ในวิหารร้าง จนเมื่อพ.ศ. ๒๔๙๙ พระภิกษุรูปหนึ่งมาพบเข้า ในสภาพปูนแห้ง แตกร้าว ท่านสังเกตเห็นว่ามีประกายเงาวิบวับจึงได้แกะดู ก็พบว่าด้านในเป็นพระพุทธรูปที่มีความงดงามมากอยู่ในปูนนั้น ในหนังสือประวัติวัดหงส์รัตนาราม ราชวรวิหาร ได้ระบุว่า วัดหงส์รัตนารามนี้ ถือว่าเป็นวัดประจำพระบาทสมเด็จพระปิ่นเกล้าเจ้าอยู่หัว ด้วยเหตุที่ในการพระราชพิธีสงกรานต์นั้น เจ้าอาวาสวัดหงส์จะต้องเข้าไปในการสดับปกรณ์พระบวรอัฐิพระบาทสมเด็จพระปิ่นเกล้าเจ้าอยู่หัว ที่หอพระนาคในพระบรมมหาราชวังเป็นประจำทุกปี

ตามประวัติกล่าวว่า เดิมชื่อ “วัดเจ้าขรัวหง” เป็นวัดเก่าที่สร้างขึ้นในสมัยกรุงศรีอยุธยา โดยเศรษฐีชาวจีนชื่อนายหง ต่อมาเมื่อสมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราช ได้สถาปนากรุงธนบุรีเป็นราชธานีแล้ว ได้กำหนดเขตพระราชฐานขึ้น วัดหงส์ฯจึงเป็นวัดที่ติดกับพระบรมราชวัง ใน พ.ศ. 2319 สมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราชทรงมีพระราชศรัทธาขยายพระอารามให้ใหญ่โตขึ้น ทรงสร้างพระอุโบสถใหม่ ศาลาการเปรียญ และกุฏิเสนาสนะทั้งวัด และทรงยกย่องให้เป็นพระอารามหลวงสำคัญ พร้อมถวายสร้อยนามวัดอย่างเป็นทางการว่า “วัดหงษ์อาวาสวิหาร” นั้นเอง